丰富的泥炭资源、水资源和生物资源使本地区成为具有国际意义的湿地、泥炭和生物多样性保护重点区域之一，近十年来湿地国际—中国办事处先后实施了联合国环境规划署（UNEP）和全球环境基金（GEF）赞助的泥炭地生物多样性保护与气候变化综合管理项目和欧中生物多样性保护（ECBP）项目 。区内已经建立了四川若尔盖湿地国家级自然保护区（若尔盖县），四川曼则塘湿地自然保护区（阿坝县）、四川日干乔湿地自然保护区（红原县）、四川卡哈尔乔湿地自然保护区（若尔盖县）、甘肃尕海则岔国家级自然保护区（碌曲县）、甘肃黄河首曲湿地自然保护区（玛曲县）六个湿地类型的自然保护区 。区域内的大部分地区被规划为玛曲—若尔盖国家级生态功能保护区，若尔盖保护区被列为国际重要湿地，若尔盖高原沼泽湿地和尕海湿地被列为国家重要湿地，若尔盖高原湿地还是中国的“国家自然遗产地” 。
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